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Der Hochaltar (1506-1508) mit Mariae Krönung durch Jesus Christus flankiert von den beiden Kirchenpatronen St. Johannes Baptista und St. Martin aus der Nürnberger Maler-Werkstätte von Michael Wolgemut. Er gilt als einer der größten Doppelflügel-Altäre Bayerns mit einer Gesamthöhe von 16 Metern.
Die Flügel zeigen auf der Festtagsseite die Geburt Christi, das Pfingstfest, die Auferstehung Christi und darunter den Tod Mariens.
Nach der ersten Wandlung des Altars erscheint die Alltagsseite mit Bilderszenen aus dem Leben der beiden Namenspatrone.
In der Passionszeit wird der Altar das zweite Mal gewandelt. Dann werden Bildtafeln mit der Leidenszeit Jesu Christi sichtbar.
Die geöffnete Predella bildet in der Mitte die Abendmahlszene ab. Auf den geöffneten Flügeln sind die beiden Kirchenpatrone sowie rechts Mariens Mutter Anna mit Maria und dem Jesuskind (genannt „Anna-Selbdritt“) sowie die Hl. Elisabeth von Thüringen zu sehen.
In der Passionszeit ist die Grablege Jesu abgebildet.